Suzbijanje bolesti, štetočina i korova u organskoj proizvodnji predstavlja vrlo veliki  problem jer nije dozvoljena primjena hemijskih sredstava (pesticida) koji se, inače, primjenjuju u konvencionalnoj (klasičnoj) proizvodnji. Zaštita u organskoj proizvodnji zasniva se na pricipu sprječavanje pojave štetnih organizama (bolesti, štetočina i korova), a ne njihovom liječenju kada se pojave. Zbog toga se prioritet daje korišćenju preventivnih i odbrambenih mjera.

Preventivne mjere:

Agrotehničke mjere - Izbor parcela, izbor otporne sorte, obrada zemljišta, poštovanje vremena sjetve i gustine sklopa biljaka, đubrenje, plodored, udruživanje usjeva, uspostavljanje cvijetnih pojaseva i dr.

Higijenske mjere - Zdrav i kvalitetan sadni materijal, higijena zemljišta, voda za zalivanje mora biti I ili II klase, sakupljanje i uništavanje zaraženih dijelova biljaka, čišćenje i dezinfekcija oruđa i alata

Odbrambene mjere:

1.Biološke mjere - Preparati na bazi virusa, bakterija i gljiva, nematode, korisni insekti (bubamare, uholaže, parazitne osice), grinje, ptice (sjenice i djetlići), ježevi, krtice, slijepi miševi

2. Fizičke mjere - Sakupljanje štetnih insekata i njihovo uništavanje, upotreba feromonskih klopki, ljepljivih kartona u boji, primamljivanje hranom - mekinje, melasa, slatki sokovi, pivo, odbijanje mirisom, svjetlošću i zvukom, sakupljanje zaraženih biljnih dijelova, spaljivanje insekata i korova gasom, postavljanje mreža protiv grada i ptica, kopanje zaštitnih kanala, upotreba raznih usisivača.

3. Hemijske mjere - Hemijska sredstva se koriste kada preventivne mjere ne mogu dati zadovoljavajuće rezultate. Tu spadaju:

Feromoni – hemijska sredstva slična hormonima koje stvaraju i emituju insekti i koriste za primamljivanje insekata sa velikih rastojanja,

Fungicidi – za dezinfekciju sjemena – preparati na bazi bakra, masna soda, kalijum permanganat, cinkoksid, biljni ekstrakti,

Sredstva za zimsko tretiranje – kuhinjska so, kalijum permanganat, kalijumov sapun, sumpor, mineralna ulja,

Sredstva  za tretiranje tokom vegetacije -  preparati na bazi bakra, preparati na bazi sumpora, kalijum permanganat, krečni sulfat, kameno brašno, kokosovo brašno, propolis, cinkoksid, Insekticidi – nikotin, piretrin, kvasija, rotenon, vodeni rastvor duvana, želatin, kalijumov sapun i dr.,

Biopesticidi se zasnivaju na korišćenju korisnih mikroorganizama ili produkata njihovog metabolizma pri čemu stvaraju toksine, kristale, spore, antibiotike kojima  štite biljke djelujući antagonistički na prouzrokovače bolesti, štetne insekte, nematode i korove.  Istovremeno su bezopasni za ljude i ekološki bezbijedni, produkuju vitamine, enzime i biljne  hormone kojima djeluju na imuni sistem biljaka i time povećavaju njihovu otpornost. (Izvod iz Pravilnika o metodama organske biljne  proizvodnje).

Dozvoljena sredstva za zaštutu billja u organskoj proizvodnji: Azadiractin iz Azadirachata indica (neemim ulje) / insekticid, ekstrat (vodeni rastvor) iz Nicotiana tabacum / insekticid, Piretrin ekstrahovan iz Chrusanthemum cinerarifolium / insekticid, Rotenon ekstrahovan iz Deris spp. i Terphrosia spp. / insekticid, Kvazija ekstrahovana iz Qvassia amara / insekticid, repelent, želatin /insekticid, biljna ulja (ulje od metvice, crnogorčine smole, kima) / insekticid, akaricid, fungicid i materija za ometanje rasta, lecitin / fungicid, pčelinji vosak, hidrolizovane bjelančevine /mamac.

Dozvoljeni mikroorganizmi za biološko suzbijanje štetočina koji se koriste kao sredstva za zaštitu bilja u organskoj proizvodnji:  Mikroorganizmi (bakterije, virusi, gljivice) npr. Bacillus thuriginensis, virus  granuloye itd.

Dozvoljene materije koje se koriste u zamkama i raspršivačima za zaštitu bilja: Diamonijum fosfat / mamac samo u zamkama, Metaldehid, Limacid / mamac samo u zamkama sa sredstvom koje odbija krupnije vrste životinja, Feromoni / mamac samo u zamkama i raspršivačima, Piretroidi (samo Deltametrin i Lambda cuhalotrin) / insekticid samo u zamkama

Ostala dozvoljena sredstva za zaštitu bilja koja se trdaicionalno koriste u organskoj proizvodnji:

• Krečni sulfat (kalcijumov polisulfid) / fungicid, insekticid, akaricid,
• Mineralna ulja / fungicid, insekticid,
• Kalijum permanganat / fungicid, baktericid,
• Sumpor / fungicid, akaricid, repelnet,
• Bakar u obliku bakarnog hidroksida, bakarnog oksihlorida, trobaznog bakarnog sulfata, bakarnog oksida /fungicid
• Kalijumov sapun (mazivi sapun) / insekticid,
• Parafinsko ulje / insekticid, akaricid,
• Kvarcni pijesak / repelent

(Izvor: PSS Leskovac, Mr Gordana Jovanović / prilagodio: AGRO-EKO Magazin)